농지보전부담금 계산은 전용하려는 농지 면적 × 개별공시지가 × 부과율로 산출하며, ㎡당 금액이 5만원을 넘으면 5만원을 상한으로 적용합니다. 부과율은 농업진흥지역 안이면 30%, 밖이면 20%로 나뉩니다. 다만 2024년 7월 1일 이후 인허가를 신청한 건에만 인하된 20%가 적용되므로 신청 시점을 먼저 확인해야 합니다. 아래에서 부과율 구분, 계산 예시, 감면 대상, 분할납부 조건, 지목변경 취득세까지 순서대로 확인할 수 있습니다.
농림축산식품부 농지로에서 면적과 공시지가로 예상 금액을 확인할 수 있습니다.
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| 농지보전부담금 계산을 위해 개별공시지가와 전용 면적을 확인하는 모습 |
농지보전부담금은 공시지가와 농업진흥지역 여부에 따라 달라지며 ㎡당 5만원 상한이 적용됩니다.
먼저 결론
- 계산식은 전용 면적(㎡) × 개별공시지가(원/㎡) × 부과율입니다.
- 부과율은 농업진흥지역 안 30%, 밖 20%로 구분됩니다.
- ㎡당 금액이 5만원을 초과하면 5만원으로 깎여 적용됩니다.
- 개별공시지가가 ㎡당 약 16만 7천원을 넘으면 진흥지역 안은 대부분 상한에 걸립니다.
- 개인 건당 2천만원, 법인 건당 4천만원 이상이면 분할납부를 신청할 수 있습니다.
- 부담금을 냈더라도 지목변경에 따른 취득세는 별도로 발생할 수 있습니다.
농지보전부담금 계산식과 상한선
농지보전부담금은 농지를 다른 용도로 쓰기 위해 전용할 때 부과되는 부담금입니다. 농지법 제38조와 시행령 제53조에 따라 부과기준일 현재 산정된 제곱미터당 금액에 전용 면적을 곱해 산출합니다.
제곱미터당 금액은 해당 농지의 개별공시지가에 부과율을 곱한 값입니다. 여기서 중요한 장치가 상한선입니다. 산정한 제곱미터당 금액이 농림축산식품부령으로 정한 금액을 넘으면 그 금액을 적용하며, 현재 기준은 ㎡당 5만원입니다.
따라서 공시지가가 아무리 높아도 부담금은 ㎡당 5만원을 넘지 않습니다. 반대로 공시지가가 낮은 농지는 상한과 무관하게 실제 비율로 계산됩니다. 이 구조 때문에 도시 근교 고가 농지는 상한에 걸려 실질 부담률이 낮아지고, 지방 저가 농지는 비율대로 부과되는 차이가 생깁니다.
농업진흥지역 안과 밖의 부과율 차이
농지법 시행령 제53조 제1항은 부과율을 두 가지로 나눕니다. 농업진흥지역의 농지는 개별공시지가의 100분의 30, 농업진흥지역 밖의 농지는 100분의 20입니다.
진흥지역 밖 부과율은 과거 30%였으나 시행령 개정으로 20%로 인하되어 2024년 7월 1일부터 시행되었습니다. 적용 기준은 허가 시점이 아니라 인허가 신청 시점입니다. 즉 시행일 이후 신청한 건에 20%가 적용되고, 그 전에 이미 허가받은 면적에는 종전 부과율이 남습니다. 변경 허가로 새로 추가되는 면적은 개정 부과율이 적용됩니다.
본인 토지가 농업진흥지역인지는 토지이용계획확인서에서 확인할 수 있습니다. 농업진흥구역과 농업보호구역은 모두 농업진흥지역에 포함되므로 30%가 적용됩니다. 지역 구분을 잘못 보면 예산이 1.5배 차이 나므로 계산 전에 반드시 확인하세요. 관련 확인 절차는 토지이용계획확인서 보는 방법에서 항목별로 정리해 두었습니다.
면적별 계산 예시 비교표
아래는 계산 구조를 이해하기 위한 예시입니다. 실제 금액은 해당 필지의 개별공시지가와 감면 여부에 따라 달라지므로 공식 사전계산으로 다시 확인해야 합니다.
| 가정 조건 | 진흥지역 안 30% | 진흥지역 밖 20% | 상한 적용 여부 |
|---|---|---|---|
| 공시지가 5만원/㎡ 면적 330㎡ |
㎡당 1만 5천원 총 495만원 |
㎡당 1만원 총 330만원 |
미적용 |
| 공시지가 15만원/㎡ 면적 330㎡ |
㎡당 4만 5천원 총 1,485만원 |
㎡당 3만원 총 990만원 |
미적용 |
| 공시지가 30만원/㎡ 면적 330㎡ |
㎡당 5만원 적용 총 1,650만원 |
㎡당 5만원 적용 총 1,650만원 |
양쪽 모두 적용 |
| 공시지가 60만원/㎡ 면적 660㎡ |
㎡당 5만원 적용 총 3,300만원 |
㎡당 5만원 적용 총 3,300만원 |
양쪽 모두 적용 |
표에서 확인할 수 있는 판단 기준은 두 가지입니다. 첫째, 공시지가가 ㎡당 약 16만 7천원을 넘으면 진흥지역 안은 상한에 걸립니다. 둘째, 공시지가가 ㎡당 25만원을 넘으면 진흥지역 밖도 상한에 걸려 두 지역의 부담금이 같아집니다. 즉 고가 농지에서는 진흥지역 여부가 부담금 차이를 만들지 않습니다.
감면 대상과 감면비율 확인 방법
농지법 시행령 별표 2는 농지보전부담금 감면대상과 감면비율을 정하고 있습니다. 용도에 따라 전액 면제되거나 일부만 감면되는 항목이 나뉘어 있어, 계획한 건축물의 용도가 별표에 들어가는지가 핵심입니다.
일반적으로 농어업용 시설이나 농업인이 설치하는 일부 시설은 감면 폭이 큰 항목에 포함되어 있습니다. 반면 일반 주택이나 상업용 건축물은 감면 대상이 아닌 경우가 많습니다. 감면 여부는 신청자의 자격과 시설 용도를 함께 보기 때문에, 농지로 사전계산 화면의 감면사항 확인 메뉴에서 별표 2 원문을 열어 해당 항목을 직접 대조하는 방식이 정확합니다.
감면 신청은 허가 신청 단계에서 함께 처리합니다. 유의할 점은 부과 대상인데 감면 대상으로 허위 신고해 납부하지 않으면 추징 등 불이익이 발생할 수 있다는 것입니다. 애매한 경우에는 자체 판단보다 시군구 농지 담당 부서에 시설 용도를 명시해 사전 확인하세요.
납부와 분할납부 절차 6단계
1단계: 대상 농지의 공시지가와 지역 구분을 확인합니다. 토지이용계획확인서로 농업진흥지역 여부를, 부동산공시가격 알리미로 개별공시지가를 확인합니다. 이 두 값이 계산의 출발점입니다.
2단계: 농지로에서 사전계산을 해 봅니다. 면적과 공시지가를 넣어 개략 금액을 잡습니다. 다만 사전계산은 참고용이므로 최종 금액은 부과결정서로 확정됩니다.
3단계: 감면 항목을 대조합니다. 시행령 별표 2에서 계획 시설이 감면 대상인지 확인하고, 해당하면 감면비율까지 적용해 예산을 다시 잡습니다.
4단계: 농지전용허가 또는 전용신고를 신청합니다. 다른 법률에 따라 전용허가가 의제되는 인가·허가·승인도 포함됩니다. 이 단계에서 부담금 부과 절차가 함께 진행됩니다.
5단계: 부과결정서와 납입 통지를 확인합니다. 농림축산식품부장관이 부과금액과 감면비율을 결정하고, 한국농어촌공사가 통보 내용에 따라 납입을 통지합니다. 원칙적으로 부담금은 농지전용허가 또는 전용신고 전까지 납부해야 합니다.
6단계: 금액이 크면 분할납부를 검토합니다. 부담금이 개인 건당 2천만원, 개인 외의 경우 건당 4천만원 이상이면 분할납부 대상에 해당합니다. 이때 전체 금액의 100분의 30을 허가 전에 내고, 잔액은 4년 범위에서 분할해 납부합니다. 최종납부일은 해당 목적사업의 준공일 이전이어야 합니다.
분할납부를 하려면 잔액에 대한 납입보증보험증서 등을 미리 예치해야 합니다. 보증기간은 각 납부기한에 30일을 더한 기간을 기준으로 하고, 보증금액은 해당 부담금의 100분의 110 이상입니다. 국가·지방자치단체·공공기관은 예치 의무에서 제외됩니다. 보증보험료가 별도로 들기 때문에 분할납부가 항상 유리하지는 않으며, 자금 조달 금리와 보험료를 비교해 판단하는 것이 좋습니다.
상황별 예산 판단 기준
같은 부담금 액수라도 사업 성격에 따라 판단이 달라집니다. 아래 기준으로 자신의 상황을 확인해 보세요.
| 상황 | 우선 확인할 항목 | 판단 기준 |
|---|---|---|
| 소규모 단독주택 신축 | 전용 면적 최소화 가능성 | 면적이 곧 금액이므로 필요한 범위만 전용 |
| 농업인 시설 설치 | 별표 2 감면 항목 해당 여부 | 감면 여부로 예산이 크게 달라짐 |
| 고가 근교 농지 매입 | 5만원 상한 적용 여부 | 상한 적용 시 진흥지역 차이가 사라짐 |
| 부담금 2천만원 초과 | 보증보험료와 대출 금리 | 보험료가 이자보다 크면 일시납 검토 |
| 매수 검토 단계 | 진입로·인허가 가능성 | 허가가 안 되면 부담금 계산도 무의미 |
특히 마지막 항목이 실무에서 가장 자주 문제가 됩니다. 부담금 예산을 다 짜 놓았는데 진입로 요건에서 막히는 사례가 적지 않습니다. 매수 전 단계라면 맹지 진입로 확인 방법 7단계와 도로 없는 땅 건축허가 조건을 먼저 확인하는 순서가 안전합니다.
부담금 외에 세금·등기·측량까지 포함한 예산 구조를 이어서 확인할 수 있습니다.
지목변경 취득세 등 추가 비용
농지보전부담금을 납부했다고 비용이 끝나는 것은 아닙니다. 지방세법은 토지의 지목을 사실상 변경해 그 가액이 증가한 경우를 취득으로 보아 이른바 간주취득세를 부과합니다. 과세표준은 지목변경 전후 시가표준액의 차액, 즉 증가한 가액입니다.
지목변경에 따른 취득세율은 2%가 적용되며, 여기에 농어촌특별세 등이 더해질 수 있습니다. 부담금과 취득세는 근거 법률과 과세 목적이 달라 각각 부과되는 구조이므로, 예산을 잡을 때 두 항목을 함께 계산해야 합니다.
이 외에도 전용 과정에서 개발행위허가에 따른 설계·측량비, 토목공사비, 개발부담금 해당 여부 등이 추가될 수 있습니다. 분할이 필요한 경우 비용은 토지 분할 허가·측량 비용에서 확인할 수 있습니다. 세액의 구체적 계산은 지방세 부과 관청과 세무 전문가 확인이 필요합니다.
실수 방지 체크리스트
- 토지이용계획확인서로 농업진흥지역 여부를 확인했는지
- 개별공시지가를 최신 기준으로 조회했는지
- ㎡당 금액이 5만원 상한에 걸리는지 계산해 봤는지
- 인허가 신청 시점이 2024년 7월 1일 이후인지
- 계획 시설이 시행령 별표 2 감면 항목에 해당하는지
- 부담금을 허가 전까지 납부해야 한다는 점을 일정에 반영했는지
- 분할납부 기준 금액(개인 2천만원, 그 외 4천만원)을 넘는지
- 분할납부 시 보증보험 예치 비용을 예산에 넣었는지
- 지목변경 취득세를 별도 항목으로 잡았는지
- 진입로와 개발행위허가 가능성을 먼저 검토했는지
자주 묻는 질문 10개
1. 농지보전부담금 계산식은 정확히 어떻게 되나요?
전용하려는 농지 면적(㎡)에 개별공시지가(원/㎡)와 부과율을 곱합니다. 진흥지역 안은 30%, 밖은 20%이며 ㎡당 금액이 5만원을 넘으면 5만원으로 적용합니다.
2. 공시지가가 아주 높으면 부담금도 계속 늘어나나요?
아닙니다. 제곱미터당 금액에 5만원 상한이 있어 공시지가가 높아도 ㎡당 5만원을 초과하지 않습니다. 다만 면적이 커지면 총액은 계속 늘어납니다.
3. 농업진흥지역 밖 20% 부과율은 모든 건에 적용되나요?
2024년 7월 1일 이후 인허가를 신청한 건에 적용됩니다. 그 전에 허가받은 면적에는 종전 부과율이 남고, 변경 허가로 추가되는 면적에는 개정 부과율이 적용됩니다.
4. 부담금은 언제 내야 하나요?
원칙적으로 농지전용허가 또는 전용신고 전까지 전부 또는 일부를 납부해야 합니다. 다른 법률에 따라 전용허가가 의제되는 인가·허가·승인 등도 같습니다.
5. 분할납부는 누구나 신청할 수 있나요?
아닙니다. 산업단지·도시개발사업·관광단지·중소기업 공장용지 등 시행령이 정한 경우이거나, 부담금이 개인 건당 2천만원, 개인 외 건당 4천만원 이상인 경우에 해당합니다.
6. 분할납부를 하면 처음에 얼마를 내야 하나요?
납부할 부담금의 100분의 30을 허가 전에 내고, 잔액은 4년 범위에서 분할 납부합니다. 최종납부일은 목적사업 준공일 이전이어야 합니다.
7. 분할납부에 추가 비용이 드나요?
잔액에 대해 납입보증보험증서 등을 예치해야 하며 보증금액은 해당 부담금의 100분의 110 이상입니다. 따라서 보증보험료가 별도로 발생합니다.
8. 농업인이면 전액 면제되나요?
신청자 자격만으로 자동 면제되지는 않습니다. 시행령 별표 2의 감면대상 시설과 감면비율에 해당해야 하므로 계획 시설의 용도를 기준으로 관할 관청에 확인해야 합니다.
9. 부담금을 냈으면 취득세는 안 내도 되나요?
별개입니다. 지목을 사실상 변경해 가액이 증가하면 증가분을 과세표준으로 취득세가 부과됩니다. 부담금 납부 사실이 취득세 면제 사유가 되지는 않습니다.
10. 개별공시지가가 없는 구거나 농로는 어떻게 계산하나요?
공시지가가 없는 토지는 인접 토지 등을 기준으로 별도 산정 방식이 적용됩니다. 이런 필지는 자체 계산이 어려우므로 관할 시군구 농지 담당 부서에 필지별 산정 기준을 문의하는 것이 정확합니다.
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공식 출처와 확인일
- 농림축산식품부 농지로 – 농지보전부담금 사전계산 및 조회 — 계산식, 부과율 30%·20% 구분, ㎡당 5만원 상한, 감면사항 확인 메뉴
- 국가법령정보센터 – 농지법 시행령 제53조 — 농업진흥지역 100분의 30, 농업진흥지역 밖 100분의 20 부과기준
- 찾기쉬운 생활법령정보 – 농지보전부담금 납부·분할납부 — 허가 전 납부 원칙, 분할납부 대상, 100분의 30 선납, 4년 분할, 보증서 예치 요건
- 농지법 시행령 별표 2 – 농지보전부담금 감면대상 및 감면비율 — 감면 항목과 비율 원문
자료 확인일: 2026년 9월 17일
본 글은 일반적인 정보이며 개별 사안에 대한 세무·법률 자문을 대신하지 않습니다. 부과율, 상한금액, 감면 항목과 세율은 법령 개정에 따라 변경될 수 있으므로 최종 결정 전에 관할 시군구 농지 담당 부서, 지방세 부과 관청 또는 자격을 갖춘 전문가에게 확인하시기 바랍니다.
작성: 송석 · 부동산 중개업