상가주택 보유하면 세금이 이렇게 달라요 — 3년 보유하고 나서야 깨달은 현실
📋 목차
상가주택은 일반 주택과 세금 계산 방식이 근본적으로 다릅니다. 취득세·재산세·양도세 모두 상가와 주택을 분리 과세하는 구조라서, 면적 비율 하나에 수백만 원이 왔다 갔다 하거든요.
솔직히 말하면, 저도 처음 상가주택을 매입할 때는 "1층 상가 월세 받고, 위층에 살면 되겠지" 정도로만 생각했어요. 그런데 첫 해 종합소득세 신고서를 받아 들고 나서 머릿속이 하얘졌습니다. 상가 부분에는 부가가치세가 붙고, 주택 부분 임대소득은 별도 기준이 적용되고, 재산세 고지서는 두 장이 날아오더라고요.
3년 동안 세무사 상담만 네 번, 국세청 홈택스 들락거린 횟수는 셀 수도 없습니다. 그 과정에서 알게 된 핵심을 정리해 봤어요. 일반 주택만 보유한 분들이라면 상당히 낯선 내용일 수 있는데, 상가주택 투자를 고려하고 있다면 세금 구조를 먼저 파악하는 게 순서입니다.
상가주택, 세법에서는 어떤 물건으로 볼까
상가주택은 흔히 '겸용주택'이라고도 부릅니다. 한 건물 안에 근린생활시설(상가)과 주거 공간이 함께 있는 구조예요. 1종·2종 주거지역이나 신도시 단독주택 용지 안에서 흔히 볼 수 있는 형태죠.
세법에서 가장 중요한 기준은 주택 연면적과 상가 연면적의 비율입니다. 이 비율 하나가 취득세, 양도소득세, 1세대 1주택 비과세 적용 여부를 전부 좌우해요. 주택 면적이 상가 면적보다 크면 건물 전체를 주택으로 보는 경우가 있고, 반대라면 주택 부분만 주택으로 봅니다.
그리고 많은 분이 놓치는 부분이 있는데, 상가주택의 주택 부분은 주택 수에 반드시 포함됩니다. 면적이 아무리 작아도요. 공동명의로 1%만 갖고 있어도 1주택 소유로 잡혀요. 저도 이걸 나중에 알았는데, 이미 기존 아파트를 한 채 갖고 있던 상태에서 상가주택을 추가 매입했으니 바로 2주택자가 된 거였습니다.
일반 주택은 단순해요. 한 채면 1주택, 두 채면 2주택. 그런데 상가주택은 '주택으로 보는 범위'가 달라지는 순간 세금이 완전히 다른 길로 갑니다.
취득세부터 갈라지는 세금 구조
일반 주택을 매매로 취득하면 취득세율이 1.1%~3.5% 사이에서 결정돼요. 주택 가격과 면적, 보유 주택 수에 따라 달라지죠. 그런데 상가주택은 이 계산이 한 번에 끝나지 않습니다.
상가주택의 취득세는 상가 부분과 주택 부분을 시가표준액 기준으로 안분해서 각각 따로 계산합니다. 주택 부분에는 주택 취득세율(1.1%~3.5%, 다주택 시 최대 12%)이 적용되고, 상가 부분에는 4.6% 단일세율이 적용돼요.
| 구분 | 일반 주택 | 상가주택 |
|---|---|---|
| 취득세율 | 1.1%~12% (주택 수 기준) |
주택분 1.1%~12% 상가분 4.6% |
| 재산세 | 0.1%~0.4% (누진세율) |
주택분 0.1%~0.4% 상가 건물분 0.25% 상가 토지분 0.2%~0.5% |
| 종합부동산세 | 공시가 9억 초과 시 0.5%~2.7% |
주택분만 종부세 대상 상가분은 별도합산과세 |
| 부가가치세 | 면세 | 상가 임대분 10% 과세 주택 임대분 면세 |
| 양도소득세 | 1세대 1주택 비과세 가능 |
면적 비율에 따라 전체 또는 분리 과세 |
예를 들어 볼게요. 총 매매가 8억 원짜리 상가주택에서 시가표준액 기준으로 상가 비율이 40%, 주택 비율이 60%라고 가정해 봅시다. 주택분 4.8억에는 주택 취득세율이 붙고, 상가분 3.2억에는 4.6%가 붙습니다. 1주택자 기준으로 주택분 약 528만 원, 상가분 약 1,472만 원 해서 총 2,000만 원 정도가 나와요. 같은 8억짜리 일반 주택이었다면 취득세가 약 1,700만 원대인데, 상가 부분 때문에 300만 원가량 더 나가는 셈이죠.
제가 당시 받은 취득세 고지서를 보고 좀 당황했던 게, 상가 부분은 무조건 4.6%거든요. 주택 수와 무관하게 고정이에요. 반면 주택 부분은 보유 주택 수가 늘면 세율이 확 뛰니까, 이미 집이 있는 상태에서 상가주택을 추가 매입하면 주택분 취득세가 8%~12%까지 올라갈 수 있습니다.
보유 단계: 재산세·종부세·부가가치세 삼중고
일반 주택은 재산세 고지서가 7월과 9월에 나옵니다. 산출 세액의 절반씩 두 번 나눠 내는 구조예요. 주택 공시가격에 공정시장가액비율 60%를 곱한 과세표준에 0.1%~0.4% 누진세율을 적용하죠.
상가주택은 이게 좀 복잡해집니다. 주택 부분은 일반 주택과 동일하게 재산세가 부과되지만, 상가 부분은 건물분과 토지분을 따로 떼어서 과세해요. 상가 건물에 대한 재산세는 시가표준액 × 공정시장가액비율(70%) × 0.25% 단일세율로 계산합니다. 상가 토지는 별도합산 과세 대상으로, 과세표준 구간에 따라 0.2%~0.5%가 적용돼요.
📊 실제 데이터
상가 건물 재산세는 시가표준액의 약 0.175%(70% × 0.25%) 수준으로 단일 적용됩니다. 반면 주택 재산세는 과세표준 6천만 원 이하 0.1%, 1.5억 이하 0.15%, 3억 이하 0.25%, 3억 초과 0.4%의 누진세율 구조예요. 공시가격 5억 원짜리 주택이라면 재산세가 약 45만 원 수준인데, 같은 가치의 상가 건물은 건물분만 약 87만 원에 토지분까지 합치면 더 나갑니다.
종합부동산세 얘기도 해야겠죠. 일반 주택은 1세대 1주택자 기준 공시가격 12억 원(일반은 9억 원) 초과분에 대해 0.5%~2.7% 세율이 적용돼요. 상가 부분은 종합부동산세 대상이 아닙니다. 다만 상가 부속 토지의 공시지가가 80억 원을 넘기면 별도합산과세 대상으로 종부세가 붙을 수 있는데, 소규모 상가주택에서는 현실적으로 해당 사항이 거의 없어요.
그런데 진짜 부담스러웠던 건 부가가치세였어요. 상가 임대를 주면 임대료의 10%를 부가세로 신고·납부해야 합니다. 일반 주택 임대는 부가세가 면세거든요. 매년 1월과 7월 부가세 신고 때마다 통장에서 빠져나가는 걸 보면 "아, 이게 상가주택의 대가구나" 싶더라고요.
임대소득세, 상가 부분과 주택 부분이 완전히 다르다
여기서 많은 분이 헷갈리는 게, 같은 건물에서 나오는 임대소득인데 과세 방식이 다르다는 점이에요. 상가 부분 임대소득은 금액에 관계없이 무조건 종합소득세 신고 대상입니다. 다른 근로소득이나 사업소득이 있으면 전부 합산해서 6%~45% 누진세율이 적용돼요.
주택 부분 임대소득은 조금 다릅니다. 연간 주택 임대수입이 2,000만 원 이하면 종합과세(6%~45%)와 분리과세(14%) 중에서 유리한 쪽을 선택할 수 있어요. 2,000만 원을 넘기면 무조건 종합과세입니다. 1주택자가 기준시가 12억 원 이하 주택을 임대하는 경우에는 월세 소득이 비과세되기도 하고요.
💡 꿀팁
상가주택 소유자는 사업자등록을 두 개 운영하는 경우가 많습니다. 상가 임대를 위한 일반과세 사업자등록(부가세 신고 의무)과 주택 임대를 위한 면세 사업자등록이 별도로 필요할 수 있어요. 미등록 시 가산세(면세 공급가액의 0.2%)가 부과되니, 매입 후 바로 세무서에 확인하는 게 안전합니다.
제 경우를 솔직히 말씀드리면, 1층 상가 월세 180만 원에 2층 원룸 월세 60만 원을 받고 있었거든요. 상가 월세는 부가세 포함 198만 원을 청구하고, 그 10%인 18만 원을 분기마다 모아서 부가세로 납부했어요. 주택 월세 60만 원은 부가세가 없지만 종합소득세 신고 때 합산해야 했습니다.
직장을 다니면서 상가주택을 보유하면 근로소득에 임대소득이 합산되니까 종합소득세율 구간이 훅 올라갈 수 있어요. 연봉 5,000만 원인데 상가 임대소득 2,160만 원이 더해지면 과세표준이 7,000만 원대로 뛰어서 세율이 24% 구간에 걸리게 됩니다. 일반 주택만 임대했다면 2,000만 원 이하 분리과세 14%로 끝날 수도 있었는데, 상가 소득은 이 선택지가 없거든요.
양도소득세 — 면적 비율이 수천만 원 차이를 만든다
양도소득세야말로 상가주택에서 가장 복잡하고, 동시에 가장 큰 금액이 오가는 세금이에요. 핵심은 딱 두 가지입니다. 첫째, 주택 면적이 상가 면적보다 큰지 작은지. 둘째, 양도가액이 12억 원을 넘는지 안 넘는지.
1세대 1주택 비과세 요건(2년 이상 보유, 조정대상지역은 2년 거주 포함)을 갖춘 상가주택이라면 이런 구조가 됩니다. 주택 연면적이 상가 연면적보다 크고, 양도가액이 12억 원 이하인 경우에는 건물 전체를 주택으로 봐서 비과세가 적용돼요. 상가 포함 전부요. 이게 상가주택의 가장 큰 절세 포인트입니다.
하지만 양도가액이 12억 원을 초과하면 상황이 달라져요. 2022년 세법 개정 이후부터는 주택 면적이 상가보다 크더라도, 12억 초과분에 대해서는 주택과 상가를 분리해서 각각 과세합니다. 주택 부분만 비과세를 적용하고, 상가 부분은 일반 양도세(기본세율 6%~45%)가 부과돼요.
주택 면적이 상가 면적보다 작거나 같은 경우에는 양도가액과 무관하게 처음부터 주택과 상가를 분리 과세합니다. 주택 부분만 비과세 대상이 되고, 상가 부분은 별도로 양도세를 계산해야 해요.
⚠️ 주의
상가주택의 주택 부분이 4개 층 이상이면 다가구주택이 아닌 다세대주택으로 간주될 수 있습니다. 이 경우 1세대 1주택 비과세 적용이 불가능해지는 사례가 실제로 발생하고 있으니, 건축물대장상 용도와 층수를 반드시 확인해야 합니다. 특히 옥탑방이나 반지하를 주거용으로 사용하면서 건축물대장에 근린생활시설로 등재된 경우, 세무 판단이 달라질 수 있어요.
제 실수담을 하나 말씀드릴게요. 상가주택을 매입할 때 1층 상가 면적이 주택 면적보다 살짝 컸어요. 불과 2㎡ 차이였는데, 이 때문에 나중에 양도할 때 전체 비과세가 안 되고 분리 과세를 받게 된 거예요. 세무사한테 "2㎡만 달랐어도 비과세였을 텐데요" 소리를 들었을 때 정말 허탈하더라고요. 매입 전에 건축물대장 면적부터 따져봐야 합니다.
2026년 5월, 다주택 중과 부활과 상가주택의 관계
2026년 부동산 세금에서 가장 큰 변화는 단연 다주택자 양도세 중과 유예 종료입니다. 2026년 2월 24일 국무회의에서 관련 소득세법 시행령 개정안이 의결됐고, 5월 9일까지만 중과 유예가 적용됩니다. 5월 10일부터는 조정대상지역 내 다주택자에게 기본세율(6%~45%)에 2주택자 +20%p, 3주택자 +30%p의 중과세율이 다시 적용돼요.
이게 상가주택 소유자에게 왜 중요하냐면, 상가주택도 주택 수에 포함되기 때문이에요. 아파트 한 채에 상가주택을 추가로 보유하고 있다면 2주택자입니다. 5월 9일 이전까지는 양도해도 기본세율만 적용되지만, 5월 10일부터는 중과세율이 적용되고 장기보유특별공제까지 배제됩니다.
실효세율 차이가 어마어마해요. 조선일보 보도에 따르면 동일한 양도차익 기준으로 5월 9일 전후 양도세 차이가 2배가량 벌어지는 경우도 있다고 합니다. 한경 기사에서도 "하루 늦으면 5.3억 더 낸다"는 사례가 소개됐고요.
다만, 5월 9일까지 매매 계약을 체결한 경우에는 잔금 지급까지 4~6개월의 유예 기간이 주어진다는 게 정부 발표 내용이에요. 그러니까 상가주택 처분을 고려하고 있는 다주택자라면, 지금부터 움직여야 하는 상황입니다.
반면, 상가 부분의 양도소득세에는 다주택 중과가 적용되지 않아요. 상가는 주택이 아니니까요. 보유 기간 2년 이상이면 기본세율(6%~45%)이, 1년 미만이면 55%, 1~2년이면 44%가 적용됩니다. 이 부분은 중과 부활과 무관하게 유지돼요.
실전 절세 전략 — 내가 3년간 배운 것들
3년간 상가주택을 보유하면서 세무사와 수차례 상담한 끝에 정리한 핵심 포인트들이 있어요. 전문가 상담을 받는 게 가장 정확하지만, 기본 방향은 알고 가야 상담도 의미가 있더라고요.
첫 번째, 매입 전에 건축물대장을 확인해서 주택 연면적이 상가 연면적보다 반드시 클 것. 이게 양도세 비과세의 출발점이에요. 리모델링으로 면적 비율을 조정할 수도 있지만, 건축물대장 변경이 수반돼야 하니 비용과 시간이 들어갑니다. 처음부터 면적 비율이 유리한 물건을 고르는 게 맞아요.
두 번째, 상가 임대소득에 대한 부가가치세 매입세액 공제를 적극 활용하세요. 상가 수선비, 인테리어, 관리비 등에 포함된 부가세는 매입세액으로 공제받을 수 있어요. 일반 주택에서는 불가능한 혜택인데, 의외로 챙기지 못하는 분이 많습니다. 세금계산서를 꼼꼼히 모아두는 게 중요해요.
세 번째, 종합소득세 절감을 위해 필요경비를 빠짐없이 반영해야 합니다. 감가상각비, 수선유지비, 재산세, 보험료, 대출 이자 등이 필요경비로 인정돼요. 특히 상가 부분에 대한 감가상각은 건물 가액의 상당 비율을 비용 처리할 수 있어서 절세 효과가 큽니다.
💬 직접 써본 경험
저는 2년 차에 세무사를 바꿨어요. 처음 세무사는 주택 임대와 상가 임대를 합쳐서 신고만 해줬는데, 새 세무사가 상가 부분 감가상각비를 적용하니까 종합소득세가 연간 약 120만 원 줄었습니다. 건물 취득가액 중 상가 비율만큼을 기준으로 내용연수 40년으로 감가상각을 잡았거든요. "이게 왜 이제야 반영된 거예요?"라고 물었더니, 감가상각은 납세자가 신청해야 적용되는 거래요. 아무도 안 알려줘요.
네 번째, 양도 시점에 대한 전략적 판단이 필요합니다. 2026년 5월 9일이라는 데드라인이 명확해진 지금, 다주택자라면 그 전에 처분할지, 아니면 장기 보유로 방향을 틀지 결정해야 해요. 상가주택이 유일한 주택이라면 급할 건 없지만, 다른 주택이 있다면 세금 시뮬레이션을 꼭 돌려보세요.
다섯 번째, 법인 명의 매입은 신중하게 검토해야 합니다. 법인은 주택 부분에 대해 주택 수와 관계없이 취득세 12%가 적용되고, 종부세 기본공제도 없어요. 최고세율 단일 적용에 고령자·장기보유 공제도 배제됩니다. 상가 수익이 월등히 높고 주택 비중이 낮은 경우가 아니라면, 개인 명의가 대부분 유리하다는 게 세무사들의 공통된 조언이었어요.
결국 상가주택은 '세금 설계형 자산'이에요. 단순히 수익률만 보고 들어가면 안 되고, 취득부터 보유, 양도까지 전 과정의 세금을 미리 시뮬레이션해야 실제 수익이 보입니다. 이건 일반 주택에서는 겪어보지 못할 복잡함이에요.
❓ 자주 묻는 질문
Q. 상가주택을 사면 무조건 주택 수에 포함되나요?
네, 상가주택의 주택 부분은 면적 크기와 관계없이 주택 수에 포함됩니다. 공동명의로 지분 1%만 보유해도 1주택을 소유한 것으로 간주해요. 이미 주택을 보유 중이라면 상가주택 매입 시 다주택자가 되므로 취득세 중과 여부를 반드시 확인해야 합니다.
Q. 상가주택 전체가 양도세 비과세 되려면 조건이 뭔가요?
1세대 1주택 비과세 요건(2년 보유, 조정지역 2년 거주)을 충족하고, 주택 연면적이 상가 연면적보다 크며, 양도가액이 12억 원 이하인 경우 건물 전체(상가 포함)가 비과세 대상이 됩니다. 12억 원 초과 시에는 주택과 상가를 분리해서 과세합니다.
Q. 상가 부분 임대소득도 2,000만 원 이하면 분리과세 가능한가요?
아닙니다. 2,000만 원 이하 분리과세(14%)는 주택 임대소득에만 적용되는 제도예요. 상가 임대소득은 금액과 관계없이 다른 소득과 합산해서 종합소득세(6%~45%)로 신고해야 합니다.
Q. 상가 부분에도 종합부동산세가 부과되나요?
상가 건물 자체에는 종부세가 부과되지 않습니다. 다만 상가 부속 토지는 별도합산과세 대상으로, 공시지가 합산액이 80억 원을 초과하면 0.5%~0.7% 세율로 종부세가 나올 수 있어요. 소규모 상가주택은 해당되는 경우가 거의 없습니다.
Q. 2026년 5월 다주택 중과가 부활하면 상가 부분 양도세도 중과되나요?
상가 부분의 양도세에는 다주택 중과세율이 적용되지 않습니다. 중과는 '주택'에만 해당하는 제도예요. 상가 부분은 보유 기간에 따라 기본세율(6%~45%)이 적용되며, 1년 미만 보유 시 55%, 1~2년 44%의 단기 세율이 별도로 있습니다.
본 포스팅은 개인 경험과 공개 자료를 바탕으로 작성되었으며, 전문적인 의료·법률·재무 조언을 대체하지 않습니다. 정확한 정보는 해당 분야 전문가 또는 공식 기관에 확인하시기 바랍니다. 본 글의 내용은 정보 제공 목적이며, 개인 상황에 따라 결과가 다를 수 있습니다. 반드시 세무 전문가와 상담 후 결정하시기 바랍니다.
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상가주택은 일반 주택보다 세금 구조가 복잡하지만, 그만큼 절세 여지도 넓습니다. 매입 전 면적 비율 확인, 보유 중 부가세·감가상각 관리, 양도 시점의 전략적 판단 — 이 세 가지를 잡으면 상가주택의 세금이 부담이 아니라 무기가 될 수 있어요.
상가주택 세금으로 고민되는 부분이 있다면 댓글로 남겨주세요. 직접 겪은 경험 범위에서 최대한 답변드리겠습니다. 이 글이 도움이 됐다면 같은 고민을 하는 분께 공유도 부탁드려요.
✍️ 글쓴이
송석
부동산 실전 투자 경험을 바탕으로 세금·절세·임대 운영 관련 정보를 공유합니다. 상가주택, 다가구주택, 토지 투자를 직접 경험하면서 얻은 인사이트를 전해드려요.
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