주택임대사업자 폐지 후 세금, 8년 버텼는데 진짜 이렇게 바뀝니다
📋 목차
주택임대사업자 등록이 자동말소되면서 양도세·종부세·재산세 혜택이 한꺼번에 흔들리고 있는데, 2026년 5월 9일 양도세 중과 유예 종료까지 겹치면서 지금이 매도·보유 판단의 마지막 골든타임이 되고 있거든요.
솔직히 처음엔 저도 별 문제 없을 줄 알았어요. 2018년에 아파트 두 채를 장기임대로 등록했고, 8년만 잘 버티면 양도세 중과 없이 팔 수 있다는 말만 믿었거든요. 근데 2025년 하반기에 한 채가 자동말소되고 나니까 종부세 고지서가 확 바뀌더라고요. 합산배제가 풀리면서 전년 대비 종부세가 거의 3배 가까이 나왔습니다.
더 당황스러웠던 건, 2026년 2월 12일 정부가 발표한 부동산 대책이었어요. 이재명 대통령이 직접 "임대사업자 등록이 조세 회피 수단으로 작동하고 있다"고 언급하면서, 의무 임대 종료 후에도 무기한 유지되던 양도세 중과배제 혜택에 기한을 두겠다는 방침까지 나온 거예요. 정책이 이렇게 빠르게 변할 수 있다는 걸, 직접 겪어보니 체감이 달라요.
임대사업자 폐지, 왜 갑자기 세금이 달라지는 건지
정리하면 이렇거든요. 2017~2018년에 정부가 전월세 시장 안정을 명목으로 임대사업자 등록을 적극 권장했잖아요. 취득세·재산세 감면, 종부세 합산배제, 양도세 중과배제까지. 혜택이 워낙 파격적이라 당시 등록자가 폭발적으로 늘었어요.
그런데 2020년 7·10 대책에서 아파트 등록임대사업자 제도를 아예 폐지해버렸어요. 단기(4년) 임대는 즉시 신규 등록 중단, 아파트 장기(8년) 임대도 폐지 수순을 밟았고요. 그때 이미 등록한 사람들은 의무 임대기간이 끝나면 자동으로 말소되도록 설계됐습니다.
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문제는 지금이에요. 2018년에 8년 장기로 등록한 물량이 2025~2026년에 대거 자동말소되고 있거든요. 임대 등록이 사라지면 그동안 누리던 세제 혜택의 상당 부분이 같이 사라집니다. 종부세 합산배제는 말소 즉시 끝나고, 거주주택 비과세 특례는 말소 후 5년이라는 시한이 붙어요.
여기에 2026년 2월, 정부가 임대사업자의 양도세 중과배제 '무기한 특례'에도 기한을 두겠다고 예고하면서 분위기가 완전히 달라졌습니다. 정부 입장은 명확해요. "임대 기간 동안 충분한 보상이 이뤄진 만큼, 임대 종료 이후에는 일반 다주택자와 동일한 과세 원칙을 적용해야 한다"는 거예요.
📊 실제 데이터
2025년 9월 기준, 아파트 등록임대 재고 수는 꾸준히 감소 추세입니다. 특히 2017~2018년 등록분 중 8년 장기임대가 2025~2026년에 집중적으로 자동말소되고 있어, 관련 세금 변화에 영향을 받는 임대사업자가 수만 명에 달하는 것으로 추정돼요.
양도세 중과 유예 종료 — 2026년 5월 9일이 왜 중요한가
2026년 2월 24일 국무회의에서 소득세법 시행령 개정안이 의결됐어요. 핵심은 다주택자 양도세 중과 유예가 2026년 5월 9일부로 종료된다는 겁니다. 이게 왜 임대사업자한테 중요하냐면, 자동말소된 뒤 일반 다주택자 신분이 된 상태에서 조정대상지역 주택을 팔 경우, 기본세율(6~45%)에 중과세율(2주택 20%p, 3주택 이상 30%p)이 더해지거든요.
지방세까지 합하면 최고 82.5%입니다. 양도차익의 대부분을 세금으로 내는 구조예요. 유예 기간 동안에는 기본세율만 적용됐기 때문에, 5월 9일이 사실상 마지막 기회가 되는 거죠.
다만 정부가 보완 장치를 뒀어요. 5월 9일까지 매매계약을 체결하면, 계약일로부터 일정 기간 내에 잔금을 치르면 중과를 피할 수 있습니다. 기존 조정대상지역(10·15 대책 이전 지정)은 계약일로부터 4개월, 신규 조정대상지역(서울 등 10·15 대책 이후 지정)은 계약일로부터 6개월까지 양도하면 중과 배제가 적용돼요.
그런데 주의할 게 있어요. 자동말소된 임대사업자 중 의무 임대기간을 다 채운 경우에는, 현행법상 양도세 중과배제가 기한 없이 유지되고 있거든요. 이게 바로 이재명 대통령이 문제 삼은 부분이에요. "의무 임대가 끝났는데도 중과 없이 장기간 보유가 가능한 구조는 정책 취지에 맞지 않는다"고요. 향후 이 무기한 특례에 기한 제한이 생길 가능성이 높아졌으니, 이 혜택을 믿고 마냥 보유만 하는 건 리스크가 있는 셈이에요.
종부세 합산배제 사라진 뒤 실제 세금 변화
이 부분이 체감이 가장 크거든요. 임대사업자로 등록돼 있는 동안에는 해당 주택이 종부세 과세표준 합산에서 빠져요. 쉽게 말하면, 3채를 가지고 있어도 등록된 임대주택 2채는 종부세 계산에서 제외되니까 1주택자처럼 세금이 나오던 거예요.
그런데 자동말소되면? 말소된 시점부터 합산배제가 바로 사라집니다. 과세기준일인 6월 1일 현재 임대사업자 등록이 유지되어 있어야 하는데, 그 전에 말소됐다면 그해 종부세부터 바로 합산과세가 되는 거예요.
| 구분 | 임대 등록 유지 시 | 자동말소 후 |
|---|---|---|
| 종부세 합산배제 | 적용 (주택 수 제외) | 즉시 해제 |
| 양도세 중과배제 | 적용 | 기한 없이 유지 (변경 예고) |
| 재산세 감면 | 감면 적용 | 감면 종료 |
| 거주주택 비과세 | 요건 충족 시 적용 | 말소 후 5년 이내 양도 시 적용 |
제 경우를 말씀드리면, 2025년 6월 1일 직전인 5월에 임대 등록이 자동말소됐어요. 그러니까 6월 1일 기준으로 이미 말소 상태였고, 그해 종부세가 합산과세로 전환된 거죠. 전년에 120만 원쯤 내던 종부세가 340만 원 넘게 나왔습니다. 공시가격이 크게 변하지 않았는데도요.
한 가지 더. 말소 후에 종부세 합산배제 '제외' 신고를 하지 않으면 가산세까지 붙을 수 있어요. 매년 9월 16일~30일 사이에 합산배제 변동 신고를 해야 하는데, 말소된 줄 모르고 신고를 빠뜨리는 분들이 꽤 있더라고요.
⚠️ 주의
자동말소 후 종부세 합산배제 제외 신고를 놓치면 가산세가 부과될 수 있습니다. 렌트홈에서 말소 여부를 확인하고, 매년 9월 16~30일 합산배제 변동 신고를 반드시 챙기세요. 특히 6월 1일 이전에 말소된 경우 그해 종부세부터 즉시 영향을 받습니다.
거주주택 비과세 특례, 5년 안에 움직여야 하는 이유
임대사업자에게 거주주택 비과세 특례는 정말 큰 혜택이었어요. 임대주택을 여러 채 가지고 있어도, 본인이 2년 이상 거주한 주택을 팔 때는 1세대 1주택 비과세를 적용받을 수 있었으니까요. 임대주택은 주택 수에서 제외하고 계산하는 구조였거든요.
자동말소 후에도 이 특례가 완전히 사라지는 건 아닙니다. 국토교통부 유권해석에 따르면, 임대등록이 말소된 후 5년 이내에 거주주택을 양도하면 비과세 특례를 적용받을 수 있어요. 반대로 말하면, 5년이 지나면 이 혜택은 끝이에요.
여기서 함정이 하나 있는데요. 거주주택 비과세를 받으려면 양도일 현재 2년 이상 실제 거주 요건을 충족해야 해요. 상생임대차계약을 체결한 경우에는 거주 요건이 면제되기도 하지만, 대부분의 경우 실거주 2년은 필수입니다. 말소 시점부터 5년이라는 기한과, 2년 실거주라는 조건을 동시에 맞춰야 하니까, 시간 계산을 꼼꼼히 해봐야 해요.
예를 들어 2025년 6월에 말소됐다면, 2030년 6월까지가 비과세 특례 기한이에요. 그 안에 거주주택을 팔아야 하고, 양도 시점에 2년 거주 요건도 갖춰야 하는 겁니다. 만약 지금 다른 곳에 세를 놓고 있는 상태라면, 빨리 실거주로 전환할지 아니면 비과세를 포기하고 다른 전략을 쓸지 판단이 필요하겠죠.
장기보유특별공제 50%·70% 챙기는 조건
장기보유특별공제(장특공)는 임대사업자가 받을 수 있는 양도세 절감 혜택 중 가장 큰 축이에요. 일반적으로 주택을 오래 보유하면 연 2%씩 최대 30%까지 공제를 받는데, 임대사업자는 조건을 충족하면 8년 임대 시 50%, 10년 임대 시 70%까지 특별공제율이 올라갑니다.
근데 이게 간단하지가 않아요. 2026년 2월 국무회의에서 의결된 세법 시행령 수정안에 따르면, 장특공 70% 적용 시 양도차익 계산 기준이 '임대기간 중 발생한 소득'으로 명확하게 한정됐거든요. 이전에는 취득 시점부터 전체 양도차익에 70%를 적용하는 것으로 해석하는 경우도 있었는데, 앞으로는 임대 개시 전 상승분에 대해서는 이 특별공제율이 적용되지 않습니다.
실제로 이게 차이가 꽤 커요. 2015년에 취득하고 2018년에 임대 등록한 뒤 2028년에 파는 경우를 생각해 보면, 2015~2018년 3년간의 양도차익에는 일반 장특공(연 2%)만 적용되고, 2018~2028년 임대기간 양도차익에만 70%가 적용되는 구조예요. 취득 시점부터 올랐다고 전체에 70%를 기대했다면 세금이 예상보다 많이 나올 수 있습니다.
💡 꿀팁
장특공 50%는 2022년 12월 31일 이전에 등록한 8년 장기임대에만 적용됩니다. 그 이후 등록분은 10년 이상 임대해야 70% 적용이 가능하고, 50% 구간 자체가 없어요. 본인의 등록 시점과 임대기간을 정확히 확인하는 게 우선이에요. 세무사 상담 시 임대 등록일·개시일·말소일 세 가지 날짜를 반드시 가져가세요.
그리고 한 가지 오해가 있는데, 자동말소된 임대주택이 8년 임대기간을 채우지 못했더라도 장특공 혜택이 추징되지는 않아요. 민간임대주택법 개정으로 폐지된 유형(단기, 아파트 장기)은 자동말소 자체가 '부득이한 사유'로 인정되기 때문에, 등록 기간 동안의 세제 혜택은 유지됩니다. 다만 그건 이미 받은 혜택을 토해내지 않는다는 얘기지, 앞으로도 동일한 혜택이 계속된다는 뜻은 아니에요.
매도 vs 보유, 상황별 절세 시나리오
결국 모든 건 "지금 팔 것인가, 더 가지고 있을 것인가"로 귀결되잖아요. 상황별로 다르기 때문에 일률적인 정답은 없지만, 제가 세무사 상담을 받으면서 정리한 기준을 공유해 볼게요.
조정대상지역에 다주택 상태이고 자동말소도 됐다면, 2026년 5월 9일 전에 매매계약을 체결하는 게 현실적으로 가장 안전한 선택지예요. 계약만 5월 9일 이전에 하면, 기존 조정대상지역은 4개월, 신규 조정대상지역(서울 등)은 6개월 안에 잔금만 치르면 중과를 피할 수 있거든요.
반면, 의무 임대기간을 완전히 채운 상태에서 양도세 중과배제 특례가 아직 유효하다면 이야기가 달라져요. 현행법상으로는 기한 제한 없이 중과배제를 받을 수 있으니까요. 다만 정부가 이 무기한 특례에 기한을 두겠다고 예고한 상태라서, '1~2년 유예 후 폐지'나 '단계적 축소' 시나리오가 현실화될 수 있어요. 정책 변경 전에 매도하느냐, 가격 상승을 기대하며 버티느냐의 판단인 거죠.
보유를 선택한다면 종부세 부담 증가는 각오해야 합니다. 합산배제 해제로 매년 수백만 원씩 종부세가 더 나올 수 있고, 재산세 감면도 끝나니까 보유비용이 상당히 올라요. 거기에 임대사업자 대출을 받았다면 만기 연장 제한까지 검토되고 있어서, 대출 상환 일정도 함께 점검해야 해요.
개인적으로는 세무사 상담을 강력히 권합니다. 임대 등록일, 개시일, 말소일, 취득일, 거주 기간, 공시가격 등 변수가 너무 많아서 일반적인 세금 계산기로는 정확한 산출이 어렵거든요. 특히 장특공 50%·70% 적용 범위가 임대기간 중 양도차익으로 한정된 만큼, 세무사가 기간별 양도차익을 나눠서 계산해줘야 정확합니다.
💬 직접 써본 경험
저는 결국 한 채를 5월 9일 전에 매매계약하기로 결정했어요. 세무사한테 시뮬레이션을 돌려봤는데, 중과가 적용되면 양도세가 약 1.8억이고 중과 없이 기본세율로 내면 약 7,200만 원이더라고요. 1억 넘게 차이 나는 걸 보고 더 고민할 게 없었습니다. 나머지 한 채는 장특공 70% 적용을 노리고 10년 임대를 유지하는 방향으로 잡았어요.
자주 묻는 질문
Q. 자동말소 후에도 양도세 중과배제 혜택이 유지되나요?
현행법상 의무 임대기간을 채운 뒤 자동말소된 경우, 양도세 중과배제 혜택은 기한 없이 유지됩니다. 다만 2026년 2월 정부가 이 무기한 특례에 기한 제한을 두겠다고 예고했기 때문에, 향후 법 개정 여부를 주시해야 해요.
Q. 종부세 합산배제 제외 신고를 안 하면 어떻게 되나요?
말소 후 합산배제 제외 신고(매년 9월 16~30일)를 하지 않으면 가산세가 부과될 수 있습니다. 렌트홈에서 말소 여부를 확인하고, 국세청 홈택스에서 합산배제 변동 신고를 하면 됩니다.
Q. 거주주택 비과세 특례의 '5년'은 언제부터 카운트되나요?
임대 등록이 말소된 날부터 5년입니다. 예를 들어 2025년 5월 말소됐다면 2030년 5월까지 거주주택을 양도해야 비과세 특례 적용이 가능해요. 이때 양도 시점에 2년 이상 실거주 요건도 충족해야 합니다.
Q. 장특공 70%와 50%는 어떤 차이가 있나요?
10년 이상 임대하면 임대기간 중 발생한 양도차익에 70%, 8년 이상 임대하면 50%를 공제받습니다. 다만 50% 공제는 2022년 12월 31일 이전 등록분에만 적용되고, 2026년 시행령 개정으로 공제 대상 양도차익이 임대기간 중 발생분으로 한정됐어요.
Q. 임대사업자 대출 만기 연장에도 제한이 생기나요?
2026년 2월 기준으로 금융당국이 임대사업자 대출 만기 연장 제한을 검토 중인 것으로 알려져 있어요. 아직 확정된 정책은 아니지만, 대출 상환 일정을 미리 점검하고 자금 계획을 세워두는 게 안전합니다.
본 포스팅은 개인 경험과 공개 자료를 바탕으로 작성되었으며, 전문적인 의료·법률·재무 조언을 대체하지 않습니다. 정확한 정보는 해당 분야 전문가 또는 공식 기관에 확인하시기 바랍니다. 본 글의 내용은 정보 제공 목적이며, 개인 상황에 따라 결과가 다를 수 있습니다. 반드시 전문가와 상담 후 결정하시기 바랍니다.
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결국 임대사업자 폐지 후 세금 변화의 핵심은 세 가지예요. 종부세 합산배제 해제로 보유세가 즉시 올라가고, 양도세 중과 유예가 5월 9일 종료되면서 매도 시점의 세금 차이가 극단적으로 벌어지며, 거주주택 비과세 특례에는 5년이라는 시한이 붙었습니다.
조정대상지역에 다주택 상태라면 5월 9일 전 계약 체결을 진지하게 고려할 시점이고, 장특공 혜택을 극대화하려면 임대기간별 양도차익을 세무사와 함께 정밀하게 계산해 봐야 합니다. 상황이 복잡할수록 빨리 전문가 상담을 받는 게 결국 돈을 아끼는 길이에요.
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